Lo spazio espositivo fu progettato in base al contenuto dall’architetto Vittorio Ballio Morpurgo
La notte del 31 maggio 1944, per cause tuttora ignote, scoppiò un incendio doloso che distrusse completamente i reperti, ad eccezione degli oggetti più preziosi che il sovrintendente aveva già fatto trasportare al museo nazionale romano
Lo spazio espositivo fu progettato in base al contenuto dall’architetto Vittorio Ballio Morpurgo e inaugurato nel 1939. L’edificio, che nella sua essenza è costituito da Hangar accostati tra di loro, ispirati agli arsenali pontifici del Lungotevere di Roma presso Porta Portese, costituisce un pregevole esempio di architettura tardo-razionalista. Una volta completato si fecero entrare le navi dalla parte anteriore degli Hangar e solo alla fine della operazione si poté realizzare la parete che dava verso il lago. Purtroppo la notte del 31 maggio 1944, per cause tuttora ignote, scoppiò un incendio doloso che distrusse completamente i reperti, ad eccezione degli oggetti più preziosi che il sovrintendente aveva già fatto trasportare al museo nazionale romano. Oggi il museo delle navi di Nemi e riaperto al pubblico e offre alcuni preziosissimi reperti delle imbarcazioni oltre ad alcune ricostruzioni di alcuni meccanismi e due modelli in scala degli scafi delle navi. Una sezione espositiva è dedicata al territorio e al bacino lacustre con particolare riferimento al santuario di Diana, al quale le navi erano strettamente collegate per motivi religiosi.